一般情况下，肠镜和胃肠镜不一样，包括检查器械、检查部位、检查疾病等多方面的不同。
1、检查器械：医院进行肠镜检查时，医生使用的器械通常是电子结肠镜，而胃肠镜检查时，所使用的器械一般是电子胃肠镜。
2、检查部位：肠镜检查的部位通常是肠道，而胃肠镜检查可以对患者的食管、胃部、十二指肠等部位进行检查。
3、检查疾病：肠镜检查通常能够检查出肠息肉、肠炎、肠道憩室等疾病，而胃肠镜检查能够检查出胃炎、胃溃疡、胃息肉、直肠炎、结肠炎等疾病。另外，二者的检查注意事项也会有一定的差异。
无痛肠镜和普通肠镜各有优缺点。应该根据自身具体情况去选择。普通肠镜的话，一是价钱比较便宜，而且预约时间比较短，缺点就是有些人不能耐受，会中途停止操作。无痛肠镜优点是检查痛苦比较少，完成度高，但是如果有心血管疾病基础的病人会存在麻醉的风险，如呼吸抑制、心率失常，还会增加肠穿孔的风险。